基因編輯技術面臨的挑戰包括工程基因回路的不可預測行為和水平基因轉移，這會導致不一致的細胞反應和工程基因被轉移到生態系統中的非目標生物，業界圍繞基因編輯的創新正在解決這些挑戰，尤其是使用 CRISPR-Cas9 等工具，例如，提高基因編輯的精準性可以通過微調基因結構從而確保更可預測的細胞行為。

美國初創公司 Graphite Bio 利用基因編輯開發了一個 DNA 精準修復平臺，該平臺利用細胞的天然 DNA 修復過程來恢復導致疾病的突變基因的功能，其技術路線類似于基因編輯的查找和替換，首先識別出基因突變，然后使用專有的 HiFi Cas9 精確切割不正確的 DNA 序列，并引入正確的 DNA 序列來恢復基因的功能，這種策略提高了合成生物學治療遺傳疾病的潛力；另外一家美國初創公司 SeQure Dx 專注于通過其預測性脫靶評估平臺來推進基因編輯技術發展，該公司使用多樣化的基因組數據庫評估所有可能的脫靶位點以確保全面了解潛在風險，并將數據與致病性、致癌性和生物影響數據相關聯。

03、下一代測序

為了避免復雜合成構建體在宿主生物體內的相互作用導致意想不到的表型結果或代謝失衡，很多初創公司正在推進下一代基因測序技術，以快速測序大量 DNA，從而讓研究人員能夠以更高分辨率解析合成構建體的行為。由下一代測序支持的宏基因組研究為合成生物如何與天然微生物群落相互作用提供了新見解。

匈牙利初創公司 Deep Biotech Solutions 專注于個性化的下一代測序技術和分子生物學服務，通過其開發的過濾和 AI 技術提供 RNA 測序等，此外該公司還提供量身定制的分析，包括差異基因表達、新型轉錄本鑒定和剪接變體分析；美國初創公司 Lost Arrow Bio 從事下一代測序樣品的制備，其開發的系統幾乎可以在不改變協議的情況下自動化任何 NGS 庫準備工作流程。

目前全球糧食生產正在逐漸轉向不依賴于傳統蛋白質來源，業界圍繞替代蛋白的創新正在通過工程化非傳統蛋白來源來加速這一過程，比如植物蛋白、藻類蛋白和細胞培養肉等，精密發酵為蛋白質生產提供了新的途徑，為未來更可持續和更廣泛的食品鋪平了道路。

圍繞替代蛋白領域，英國初創公司 Basecamp Research 開發了一個全面了解自然環境中發現的基因數據的知識圖譜，并用地質、環境和化學標簽標記基因序列，帶來了一個獨特的、情境化的數據源，基于繪制全球微生物的生物多樣性圖譜，該公司的研究擴大了已知的蛋白質的數量，并展示了蛋白質之間的關聯；MarraBio 也是一家總部位于英國的初創公司，專注于構建對細胞生長、分裂和正常細胞行為所必需的細菌蛋白質聚合物，使工業規模的細胞生長能夠用于多種應用，比如實驗室研究、農業以及醫藥領域等。

眾所周知，傳統疫苗研發較為費時，難以及時有效地應對突然出現或快速變異的病原體，為了解決這個挑戰，業界利用合成 DNA 和 RNA 平臺能在短時間內設計開發和生產疫苗，大幅加速了疫苗研發進程，同時也能確保疫苗對不斷變異的毒株保持有效。

美國初創公司 Hexamer Therapeutics 專注于下一代合成疫苗技術，其開發的疫苗支架由天然肽組成，可針對特定的病毒區域或突變進行調節，此外該技術還能夠實現化學計量控制的反應以確保與多種抗原的兼容性；總部位于愛爾蘭的 AiBIOLOGICS 是一家專注于抗體發現、診斷開發和疫苗設計方面的 AI 公司，其開發的深度學習算法完善并加快了改進抗體發現、免疫原性映射等疫苗開發過程，該公司還在實驗室中驗證了其 AI 模型并改進優化了診斷、疫苗設計和治療評估。

與替代蛋白類似，細胞農業也是旨在不加劇環境惡化或損害營養價值的前提下，解決可持續糧食來源日益增長需求方面的挑戰，比如開發更高產量、更高抗性的農作物以對抗害蟲和惡劣土壤條件，或是定制營養成分為消費者創造更健康、更有針對性的食品選擇。

以色列初創公司 Optium 利用 AI 優化生物反應器的性能，提高效率，助力從實驗室生產過渡到工業生產，其開發的工具還可在過程中預測批次結果，從而減少浪費和運營成本；西班牙初創公司 Real Deal Milk 專注于通過精密發酵生產“無動物”牛奶，包括酪蛋白和乳清等牛奶蛋白，提供了一種人性化、成本效益高、更健康的乳制品替代品，發酵生產所需能源和資源消耗更少，并且還大幅減少了二氧化碳的排放。

修改生物系統的過程需要高度復雜的設計和優化，而手動試錯方法是低效且缺乏準確性的，對此，很多初創公司正在開發生物計算技術，通過先進的算法、機器學習模型和模擬平臺來解決這個挑戰，這能夠實現生物電路和通路的計算機設計和測試，基于 DNA 的計算和存儲解決方案的出現進一步縮小了生物系統和數字系統之間的差距。

美國初創 Iridia 專注于生產基于 DNA 的存儲芯片，其利用專有的 DNA 合成化學、硬件架構和半導體制造技術構建了 DNA 數據存儲解決方案，這實現了高密度數據存儲，通過去中心化、價格合理的 DNA 數據存儲確保了長期耐用性和可持續性，為企業、數據中心等日益增長的數據存儲需求提供了新的解決方案；澳大利亞初創公司 Cortical Labs 在營養液中通過硅片培養神經元，通過將活腦細胞與計算設備融合開發出一種獨特設備，這種融合讓機器擁有生物智能，能夠利用大腦細胞的力量來增強計算能力。

傳統的生物工程方法難以在不破壞復雜微生物群落的情況下選擇性地靶向或增強微生物功能，而微生物工程通過使用基因工具等提供了有針對性的解決方案，研究人員能夠在微生物中引入或修飾特定的基因，從而有針對性地增強或抑制微生物組中所需的功能，有助于開發具有增強治療潛力的益生菌、促進植物健康的農業解決方案以及修復污染物或恢復生態平衡的環境干預措施。

加拿大初創公司 Ceragen 專注于開發微生物菌劑來促進植物生長，幫助植物吸收營養并抵御高溫等惡劣環境壓力，為作物增產提供了可持續有效的解決方案并避免了有害的化學品的使用；Endure Biotherapeutics 是一家總部位于美國的初創公司，旨在設計在體內持續存在的天然細菌的治療菌株，其平臺專注于發現、開發和商業化工程菌藥物治療人類遺傳和慢性疾病，早期試驗表明，這些工程天然細菌可以定植于胃腸道并有可能治愈各種代謝和炎癥疾病。

工程基因的表達受 DNA 序列以及動態和復雜的表觀遺傳學控制，會在無意中沉默或過度激活合成結構，導致不一致的結果，對此，不少創業公司正在開發創新的表觀遺傳學工具進行引導和調控以解決這些復雜問題，例如，通過控制表觀遺傳標志物和修飾物，研究人員可以確保基因表達的一致性，微調合成結構并設計表觀遺傳開關。

美國初創公司 Tune Therapeutics 開發了一個控制基因行為的基因調控平臺，由兩個可切換的元件組成（DNA 結合域和效應器），可以精確控制基因表達，為各種治療環境提供解決方案；美國初創公司 Chroma Medicine 通過利用表觀遺傳學進行精確和可預測的治療，開發單劑量基因組藥物，其可編程的表觀遺傳編輯器將 DNA 結合域與表觀遺傳效應域相結合，從而實現靶向基因沉默或激活。

基因設計具有巨大的組合空間，需要進行探索以獲得最佳功能，這導致“設計-構建-測試”周期是一個費時費力的過程，對此，一些初創公司專注于創建基因文庫，用包含大量基因數據的數據庫來解決這一瓶頸，此外，DNA 合成平臺和高通量篩選方法使研究人員能夠快速評估變體以進行篩選和設計。

德國初創公司 Serengen 創建了一個 DNA 編碼庫用于高效、高質量的篩選和識別，克服了傳統無偏見篩選方法的局限性，減少了冗余，降低了成本，有望加快早期藥物的發現進程；丹麥初創公司 Dianox 開發了一個適配子庫，其中包含體外驗證的適配子，可與蛋白質或小分子進行特異結合，并且這些適配子的用途多種多樣，涵蓋從研究酶的作用機制到治療癌癥等疾病的潛在應用。

參考資料：1.https://www.startus-insights.com/innovators-guide/synthetic-biology-trends/

來源：生物學報